1600年9月，德川家康於關原合戰中擊敗忠於豐臣秀吉家族的各派勢力。1603年就任徵夷大將軍，於江戶設立幕府。對於天皇朝廷，德川幕府制定了禁中及公家諸法，久而久之，日本人只知有將軍而不知有天皇，以致“視萬乘之尊如孤豚”。
1615年又制定了武家諸法度，將對諸侯大名的干涉行爲常規化，未經過幕府同意，各封國不得擅自交往，不得另行新建防禦城池。
寬永年間(1624-1643年)，第三代將軍德川家光又制定大名參覲交替制。全國大名被分爲親藩、譜帶和外樣三大類，被認爲不可靠的外樣大名以九州薩摩島津家、中國長州毛利家爲代表，只得佔據最爲偏遠之領地。如此，德川幕府徹底壓制了來自朝廷的權威挑戰及來自大名的實力挑戰，將日本近世封建制度鑄造得極爲堅固。而幕府與各國大名統馭社會，依靠的就是武士階層(即“家臣”)—這是由織田信長、豐臣秀吉開始實施“兵農分離”政策之後，所形成的脫離土地、身懷武藝，爲幕府與家主提供忠誠的服務，以獲得俸祿的武士“有產”階層。
一般認爲將軍直屬的“旗本”(近衛軍)總數有五千餘人，“御家人”(從屬於德川家的武士)有17000人，還有“旗本”、“御家人”所擁有的家臣(基本屬於“足輕”階層)。一旦發生戰事，幕府以關東江戶爲核心，可動員兵力達六七萬人。德川幕府是日本最大的地主、最大規模武士集團的擁有者，同時還佔據着狹長的日本國土上位於中央的最優越的戰略位置。
收錄於日本古代百科類書籍《拾芥抄》1656年刊行版中的“行基圖”，反映了江戶時代日本人對於本國地理的基本看法。
江戶幕府時代的封建武士統治體制本身即可等同於軍事動員體制，這套雙軌體制完全是爲了保持日本國內的安定、德川幕府之江山永固而精心設計的，其設計目的確實在二百餘年江戶盛世中得到了完美實現。1609年，得到幕府默許的薩摩島津軍隊入侵琉球王國。1614-1615年的大阪冬、夏之役，德川家康將名存實亡卻不肯主動退出歷史舞臺的豐臣家徹底毀滅，隨即於1616年去世。1638年，幕府軍隊血腥鎮壓了由九州島西部受到迫害的天主教徒發動的“天草、島原之亂”，這成爲日本戰國軍隊的謝幕演出，從此以後的二百餘年，日本舉國“不聞兵事”，天下太平。
對外關係方面，德川幕府在大力禁止、鎮壓天主教之餘，自然也斷絕了與篤信天主教的西班牙、葡萄牙兩國的外交關係。正逢此時伊比利亞國家在全球海
洋擴張的優勢正急速衰落(以1588年英國戰勝西班牙無敵艦隊爲起始)，“海上馬車伕”荷蘭共和國及英國正在崛起，因此幕府的政策可謂正逢其時。對於日本來說，最有利可圖的外貿對象依然是近鄰之中國、朝鮮。雖然幕府很快着手修復因豐臣秀吉入侵朝鮮而破裂的中日、中朝關係，但其尚未徹底確立的幕藩體制卻因此存在一定的隱憂：西國大名毛利、島津的地理位置，雖然想要起兵造反、推翻江戶幕府是極爲困難的，但於開展海外貿易方面卻頗爲有利。如果讓西國大名利用貿易增強經濟實力、進而整頓軍備，將根本上破壞幕藩體制。
德川幕府的應對方法如下：1604年推進“朱印船”貿易的同時，便實行“絲割符制度”，從中國進口的最有價值商品—生絲，由幕府御用商人憑藉許可證壟斷採購。1609年，禁止大名擁有五百石以上大船。1616年，將外國商船的停泊地點限制於平戶與長崎，後在長崎港人工填造“出島”。1635年，全面禁止日本人航行海外以及海外日本人歸國，終止朱印船貿易。1636年，經多年談判，朝鮮派遣“通信使”前往日本，日朝兩國復交，日本首次在對朝外交文書中使用“大君”一詞指代幕府將軍，標誌“大君外交體制”確立。1638 年，“天草、島原之亂”被鎮壓後，“鎖國制”徹底構築完成—儘管幕府自身並無鎖國的自覺。“鎖國”一詞廣爲人知，要等到1801年長崎的蘭學家志築忠雄將荷蘭人撰寫的有關日本外交、外貿之文章翻譯爲日文，併爲文章取標題爲《鎖國論》。
日本江戶幕府時代的朱印船
1644年，明朝被李自成起義軍推翻，而後者又迅速被入關的清軍擊敗。滿族入主中國使得日本舉國上下大爲緊張。德川幕府自然會回想起13世紀蒙古入主中原後，忽必烈兩次舉大軍征討日本雖遭“天佑神風”而失敗，但其後果卻是迫使鎌倉幕府在沿海防禦上投入了龐大的人力物力，有功武士又得不到滿意的封賞，引發一連串社會危機，最終導致鎌倉幕府垮臺、南北朝數十年亂戰。
德川幕府之所以一度積極與抱殘守缺的南明政權進行接觸，支持以鄭芝龍、鄭成功爲首的福建水師與清政府相抗衡，是因爲其深知幕藩體制、鎖國制同樣是不能應對大規模外敵入侵的。如上所述，主要部署於關東江戶的6至7萬名幕府直轄旗本、御家人，如果分攤於日本漫長的海岸線上防衛，則如同鹽溶於水，直可無視。允許各國特別是西國大名發展自身武力實施防衛，則又徹底動搖幕藩體制“強本弱末”之政策基礎。這一最爲尖銳、根本沒有方法可以化解的矛盾，卻自動消解於無形：清朝吸取了元朝的教訓，入主中國後勤修內政，無意東向徵日。東亞進入長期和平安定的局面。
