王好古著有《陰證略例》、《醫壘元戎》、《此事難知》、《癍論萃英》、《湯液本草》等書，其中《陰證略例》爲其代表作。《陰證略例》爲專門論述陰證的專著。據王氏自序，成書於公元1232年。作者鑑於“傷寒古今爲一大病，陰證一節，害人爲尤速”，“陽證則易辨而易治，陰證則難辨而難治”，因而擷取前賢有關陰證論述，並參以己見，從病因病機、診斷治療方面對陰證進行了較爲全面的闡發，旨在闡明傷寒陰證的危害及溫陽的重要性。該書最早被收入元代杜思敬《濟生拔粹》中;至清，陸心源根據錢遵王(曾)所藏的舊抄本，刊入“十萬卷樓叢書”。
陳修園《醫書五十四種》及《中國醫學大成》都分別有載錄。從版本內容看，元版較之清版，多有“陰證發黃”、“陰證發斑”及一例醫案。 據《陰證略例》麻信之序，王氏門人有皇甫黻、張沌、宋廷圭、張可、弋彀英五人。
《癍論萃英》成書於公元1237年，本書語簡意賅，對癍疹治療及與瘡疹辨別有獨特見解，所立方劑頗切臨牀實用。《醫壘元戎》成書於公元1291年，鑑於仲景而後，傷寒、雜病分爲兩科，醫工愈學愈陋，愈專而愈粗之弊，遂祖述仲景之制，參以易水、東垣之法，發明傷寒、雜病證治之要義，寄望學者融會貫通。本書載方1035首，既注重採摭前賢之用藥心法，亦不乏化裁古方之自出機杼者。
《湯液本草》初稿成於公元1298年，至公元1308年定稿。主要闡述藥物治病機理、用藥要點及炮製等內容。對張元素、李東垣藥學理論進行了闡發，反映了金元時期藥物學理論發展成就。《此事難知》刊於公元1308年，系編輯其師李杲之醫論，包括臟腑、經絡、氣血、營衛、診法、病因病機、天人相關、治法等。
王好古論傷寒爲病，非常重視內因的作用，認爲不論內傷外感，其所以爲病，總由人體正氣之虛所致。外感寒邪，內傷飲冷或空腹不食，均可導致內傷陰證的發生。但其得病有輕重之不同，預後有可治不可治的區別，全在於人體正氣的虛實程度。王氏的這一理論認識，與《內經》中“邪之所湊，其氣必虛”，“正氣存內，邪不可幹”的思想是完全一致的。
不僅如此，王氏在以上文字中，還說明了出現三陰證的病機，與人體內已伏陰有十分密切的關係。這種從體質角度分析病機，強調體質從化觀點，頗有實際意義。王氏論傷寒強調正氣之虛爲本，李杲論內傷病，亦強調元氣不足爲根，二者的觀點基本一致。可見王氏之學受李杲之學術思想的啓迪，是一脈相承的。
