趙獻可認爲命門爲人身之大主，強調了命門在人體生命活動過程中的重要作用。指出人的發育過程，先有命門，而後生成五臟六腑，命門爲十二臟腑之根，爲生命之原。命門在人體生命活動過程中，起主要作用者，乃命門內具之相火，他把相火比喻人體的命門，認爲人體五臟六腑之所以能發揮正常作用，同樣依賴於命門相火的作用，充分反映出趙氏對命門的重視，認爲它是人身之至寶，是生命活動之源。這樣，趙氏將人體陽氣之根從心臟轉移至命門，使腎命的生理功能作用在人體中顯得尤爲重要，使中醫學術理論又有了新的發展。
趙氏認爲，命門位於兩腎之中，內具真水真火，而命門之相火又位於兩腎水之間，它們之間有着非常密切的關係。火之有餘是由於水虧，陰不制陽，而見相對火旺之象;水之有餘，又是由於火虧，陽虛相對陰盛而見的表現，這是陰陽對立觀所決定的。真水真火只能慮其不足，不能慮其有餘，因爲命門水火是人體生命活動能力的根源，是先天之本。所以，只能慮其虛。
水火之間，水爲火之根。因此，補火當於水中求火，既在陰中求陽，使陰生陽長。對於命門水火的作用，趙氏更強調火的作用，認爲相火在人身中是起決定性作用的，應當時刻保護，不能任意戕伐。對於命門先天水、火不足的治療，不是補水，就是補火。趙氏認爲，崔氏八味丸與錢乙所制的六味地黃丸，是補真火、真水的主方。
