1268 年，忽必烈第二次要求日本臣服的國書由朝鮮遞交給日本九州鎮西奉行。日本政權此時爲北條時政所掌控。日本認爲蒙古的國書中言辭相比歷代中國國書極爲無禮，拒絕了蒙古的要求。在外交失敗後，忽必烈已經於五月和十月兩次要求高麗進行對日戰爭準備。
然而此時高麗武人林衍殺死了投降蒙古的金俊，繼續在江華島與蒙古爲敵，加之忽必烈將重心轉移至南宋，使得此次的戰爭準備不了了之。雖說軍事準備不了了之，然而各方使節的活動並沒有停止。蒙古至元六年(1269 年)二月和六月，蒙古繼續第三、第四次對日派遣使節。隨後朝鮮三別抄遷移珍島抵抗。1271 年中，蒙古、高麗聯軍攻打珍島，三別抄寡不敵衆，珍島失守。三別抄殘部退至耽羅(今濟州島)繼續頑抗，並派遣使節向日本幕府通告蒙古軍隊的攻日準備工作，還請求與日本政府聯合抵抗蒙古軍。三別抄的使節到達不久，蒙古的第五次使節團也抵達日本，同時而來的還有嚴厲的戰爭威脅。
蒙古使節的戰爭威脅，與三別抄的預警消息相結合，讓日本人明白這次蒙古人真的要打過來了。不過，日本對三別抄的結盟請求採取了日本傳統的 " 默殺 "(即不予迴應，默然無視)。隨後日本的使節團，跟着元人到了大都。
日本的使節團沿着朝鮮半島，進入元朝首都大都(1271 年忽必烈稱帝，國號元)。日本使者沿途看到在高麗金州所駐紮的龐大元朝船隊和軍隊。本就想偵查元朝企圖的日本人卻得到了元朝的安慰，說那是針對三別抄的，只要日本不插手，就沒有你們的事。
元至元九年(1272 年)四月，日本使節回國。元至元十年三月，第六次，也就是最後一次元朝使節抵達日本。四月，蒙古、高麗聯合軍，乘坐軍艦一百六十隻，軍隊一萬二千人，攻破濟州島，三別抄殘部除極少數人逃至琉球外，其餘全軍覆沒。同年，南宋襄陽城失守，南宋國門洞開，主力盡失，已無繼續抵抗能力。至此，元朝遠征日本的一切障礙都已經不復存在了。
長期去往日本的元朝使節趙良弼，這樣告訴元世祖忽必烈：" 臣居日本歲餘、睹其民俗、狠勇嗜殺、不知有父子之親、上下之禮。其地多山水、無耕桑之利、得其人不可役、得其地不加富。況舟師渡海、海風無期、禍害莫測。是謂以有用之民力、填無窮之巨壑也、臣謂勿擊便。" 他的意思是，自己在日本居住了一年多，看過日本的風俗習慣，居民好勇鬥狠，喜歡用武力解決爭端，不孝敬父母，沒有上下尊卑的觀念。而且日本國內多山地河川，少有平原耕地，就算打下來了，隔着大海，也沒法役使當地人，得到了土地也不能創造多少財富。而且軍隊渡過海洋，不知道風浪什麼時候就會出現，有很大的危害。跨海遠征日本，就等於將本可以用在其他地方的力量，去填無底洞。性價比太低，不如不打。
趙良弼這樣說是有其原因的。當時趙良弼身爲正式使節，日本方卻不肯讓其直接進入本家首都，留置在九州太宰府。按通行國際慣例，這種行爲本身是相當無禮的。元至元八年(1271 年)九月十九日，趙良弼率團(第五次外交團)到達日本。但其實之前的九月十三日，日本京都就已經在討論朝鮮殘餘抵抗勢力三別抄的要求了。雖然日本 " 默殺 " 了三別抄的請求，但幕府其實已經開始進行蒙古來襲的戰爭準備了。當時，執政北條時宗命令東國御家人在九州一帶鎮壓惡黨，即不服從幕府方的地方武裝勢力。完成戰場準備之後，元至元九年(1272 年)，北條時宗設置了 " 異國警固番役 "，以蒙古軍隊入侵爲前提，在筑前、肥前兩國以及博多港可登陸的要害地區，調集軍隊進行軍事戒備，由鎮西奉行少貳資能、大友賴泰兩人爲總指揮。
『肥後小代文書』關東御教書「(上包)「北條相模守時宗 北條左京大夫政村」蒙古人可襲來之由、有其聞之間、所差遣御家人等於鎮西也、早速自身下向肥後國所領、相伴守護人(名越時章)、且令致異國之防禦、且可鎮領內之悪黨者、依仰執達如件、文永八年九月十三日 相模守(北條時宗)(花押)左京権大夫(北條政村)(花押) 小代右衛門尉(重俊)子息等」
趙良弼在九州長期滯留，對日方這些戒備肯定有相當瞭解。而其作爲第六次元朝使節前去日本的元至元十年(1273 年)，日本渡海禪僧桂堂瓊林從南宋回國。前文所提到的杭州徑山寺主持虛舟便是其在南宋的師傅。回國前，虛舟將自己的法衣、頂相(宋元之際佛教流行的祖師畫像)贈予瓊林。南宋是蒙古的敵國，在南宋首都臨安府(即今浙江杭州)附近學習的瓊林，不可避免的受到宋人對蒙古態度的影響。蒙古人當時的殘暴虐殺行爲，也是受到佛教禪宗思想所抵制的。瓊林歸國後作爲南宋方的代言人，對幕府方遊說，進行反元活動。趙良弼在這種敵對氛圍中進行具有蒙古特色的高壓外交行爲，結果也可想而知。
▲忽必烈
遠公不出虎溪意
非是陶明誰賞音
欲話箇中消息子
蒲輪何日到雲林
外國高人來日本
相逢談笑露真機
殊方異域無差路
目擊道存更有誰
這是崇福寺主持南浦紹明寫給趙良弼的詩。由前文所交代的，崇福寺本身就有很深的南宋禪宗背景，南浦紹明本身也是南宋留學回來的僧侶。趙良弼在大宰府滯留期間，經常與南浦紹明進行詩歌唱合。因此，軟硬兼施之下，在當時襄陽還未曾失守，三別抄還在頑抗的背景下，高麗殘黨三別抄、日本、南宋之間在元朝使節面前的互動，使得趙良弼對忽必烈做出那樣的回答，也就不足爲奇了。趙良弼的 " 有用之民力 "，在其當時的背景看來，是針對南宋和高麗抵抗組織三別抄的，忽必烈當時也採納了他的意見。
但在三別抄和南宋相繼敗亡後，" 日本民風剽悍、路途遙遠，風險極大 " 的描述，卻成爲忽必烈決定東征日本的重要誘因。忽必烈的想法是：藉着東征日本，把高麗剩餘的武人們送去消耗掉，並且在徵發船隻的時候，還能順便壓榨一下高麗的國力，可謂一舉三得。
元至元十一年 (1274 年)，元世祖忽必烈下令開始東征日本。蒙古的第一次東征，日本人所謂的 " 文永之役 " 爆發了。
