逼迫桂太郎辭職
第三次桂太郎內閣在高喊“維護憲政、打倒閥族”口號的護憲運動(“大正政變”)中宣佈總辭職。促使桂太郎內閣倒臺的一個原因是山本權兵衛氣勢洶洶地逼迫桂太郎儘快辭職，併爲此拜訪了西園寺公望做工作。山本權兵衛一下子成爲政治明星，他與政友會的關係也被刻意渲染出來。
出任首相
在桂太郎內閣辭職後的元老會議上，作爲護憲運動攻擊目標之一的山縣有朋始很明智的保持低調(很明顯輿論不利於己)。桂太郎推薦西園寺公望接任首相，但西園寺公望認爲自己沒有按照天皇“阻止通過桂太郎內閣不信任案”的交待去辦而固辭不受。作爲立憲政友會總裁的西園寺公望推薦由本黨的原敬或松田正久接任首相，但他們都是政黨政治家，不可能得到那羣日本元老(特別是山縣)的同意。結果首相的桂冠就落到了山本權兵衛的頭上。山本權兵衛同情政友會，並且由於他屬於第二代政治家，跟元老們關係不大(當時西鄉從道早就去世)，成爲不了護憲運動直接攻擊的目標，比較容易被人接受。他是薩摩藩軍閥這一點雖然對於要打破閥政治的民衆來說難以接受，但對於元老們來說卻是可以同意他擔任首相的重要理由。
西南戰爭以後，從“海陸軍”的說法變到“陸海軍”，海軍一下子矮了半截，從此就在陸軍老大的影子裏面過日子，海軍也只敢怒不敢言(其實對於日本這樣的島國，居然會搞大陸軍主義，真是不可思議~~)。而甲午，日俄兩場戰爭中海軍的表現不錯，人氣和地位也就跟着上升，陸軍對海軍也越來越給面子。最後，海軍終於到達了頂點：1913年2月山本權兵衛海軍大將當上了首相。這不是件小事，陸軍可能已經不希罕什麼首相不首相了，因爲那東西似乎“常駐”陸軍，山縣有朋，桂太郎都當過首相。可對於海軍而言這是開天闢地第一遭，海相是在日俄戰爭時專管後勤的齋藤實，次官是山本的女婿財部彪，海軍軍令部總長是伊集院五郎，聯合艦隊司令長官是加藤友三郎，據說是海軍的最強陣容，海軍算是混出個樣子來了。
準備組閣
他上臺後，一邊安撫民衆情緒一邊應付政局，不得不和政黨進行合作。在政黨方面，對佔有議會過半數席位的立憲政友會來說，只要沒有天皇要其組閣的命令，就只能通過與山本權兵衛合作來實現其政策主張，除此別無他擇。雙方從各自所處立場出發，確定了第一次山本權兵衛內閣的大框架。
山本權兵衛與政友會經過協商達成一致，內閣成員除陸軍、海軍、外務大臣以外全部加入政友會，作爲交換條件，政友會同意支持山本權兵衛內閣。高橋是清、奧田義人、山本達雄三人在入閣之前加入了政友會。山本權兵衛還通過起用大久保利通的次子牧野伸顯等手段成功抑制了薩摩藩的競爭對手、護憲運動要打倒的對象—長州藩派閥。從這一點上看，山本權兵衛雖然有得到政黨支持的背景，但他在執政過程中，並非將實現自己的政策爲重點，而是優先考慮控制政權和穩定運營，說到底他還是屬於“利用政黨主義”的實用派。
內閣成立
致力於通過護憲運動打倒藩閥政治的政友會成員們難以接受和薩摩藩頭子山本權兵衛進行合作。內閣成立後不久，尾崎行雄、岡崎邦輔等24名議員脫離政友會，成立政友俱樂部，政友會作爲執政黨在議會的席位跌到半數以下。山本權兵衛內閣成立一週之後，由於桂太郎辭職而中斷的第三十屆議會復會。由於時間有限，新內閣提出了與桂太郎內閣完全相同的預算案，最終以5票之差僥倖得以通過。山本權兵衛內閣的開局相當嚴峻。
修改陸海軍大臣任用制度
山本權兵衛在議會中提出修改陸海軍大臣現役武官制和文官任用制度，並得以實現。所謂現役武官制是第二次山縣有朋內閣制定的，規定只有現役陸海軍的大、中將才有資格擔任陸、海軍大臣，這個規定導致了第二次西園寺公望內閣的倒臺(“軍閥毒殺內閣”)。山本權兵衛爲了擴大內閣對軍部的約束力，將擔任陸海軍大臣的資格從現役將官擴大到預備役和後備役將官。山本權兵衛自海軍起家，和齋藤實一起控制着海軍大權，在海軍和輿論支持背景下，對改革心懷不滿的陸軍也只好勉強同意。以這次改革爲契機，陸軍大臣木越辭職，在圍繞後繼任人選問題上山本權兵衛沒有和山縣有朋商量就決定由土佐藩出身的楠瀨幸彥接任。正如大家所知，雖然修改了現役武官制，但實際上並沒有預備役和後備役將官擔任過陸海軍大臣，山本權兵衛本人是否真有從現役軍人以外選拔大臣的意願值得懷疑。雖然這些改革是在政友會的壓力下進行的，但山本權兵衛在輿論的支持下，使改革獲得成功，爲軍人以外人員擔任軍部大臣掃清了障礙，這一點還是值得讚賞和強調的。日後廣田弘毅內閣恢復了現役軍人擔任軍部大臣制度，結果導致陸軍利用這個制度控制了內閣。如果把兩者進行比較，感觸就會更深一些。
在改革文官任用制度方面，他放寬了第二次山縣有朋內閣時制定的敕任官必須通過高等文官考試的規定，擴大了首相自由任用官員的範圍。爲了排除來自山縣有朋派官僚控制的樞密院的壓力，山本權兵衛把可由自己自由任用的官員範圍擴大到陸、海軍省以外各省的次官以及警視總監、法制局長、內務省警保局長等。改革給政友會帶來相當大的好處。有人認爲改革使官僚政黨化，政黨增加了對政府人事安排的干預權力。也有人認爲，在民主政治中，被委託擔當政權的政黨、人物使用自己的助手落實政策是理所當然的。因此必須指出，對於山本權兵衛的改革不能一概而論是對是錯。
對大藏省和農商省整編
山本權兵衛內閣對大藏省和農商省進行了整編，削減了一萬多名官吏和僱員，僅大正2年就削減了6600萬日元的行政經費。山本還對山縣有朋的大本營——樞密院進行改革，將樞密顧問官的定員從38人減至24名，弱化了樞密院的力量。
有人認爲，山本權兵衛進行的一系列改革得到過昭和天皇的高度評價。第二次世界大戰後，在分析日本戰爭失敗原因時，天皇舉出四個原因，其中之一就是“沒有具有常識的領導層，戰略和政略不足，缺乏對部下的統帥力，釀成以下克上之風，導致最終失敗”。與當時領導層相比，天皇認爲有能力的人物有山縣有朋、大山岩、山本權兵衛。雖然還不清楚山本權兵衛哪段執政時期得到昭和天皇好評，但可以認爲第一次組閣時期是非常重要的。
