祆教
位於塔伊波斯坦的浮雕，顯示位處中央的阿爾達希爾二世接受阿胡拉·馬茲達授予的王冠，兩人的腳下是俯伏在地上的一名敵人，站在左方的是化身爲祭司的光神，頭載太陽光線狀的王冠，手持祆教的枝形聖物，站在聖蓮之上。
在安息帝國時期，祆教受到希臘宗教的影響而敗壞，馬其頓帝國的亞歷山大大帝征服了大流士三世的波斯帝國，使希臘宗教得以散播，並與祆教摻雜在一起。到薩珊王朝時期，正統、不攙雜的祆教才得以恢復，鬆散的祭司制度被一個階級森嚴的宗教制度取代。
爲了掠奪波斯首都的財寶，亞歷山大大帝縱火焚燬波斯波利斯，使在大流士一世時期編成的《波斯古經》大半部分佚失。不過，對《波斯古經》的重新整理在沙普爾一世統治時期曾經進行過。
祆教是薩珊王朝的國教，但是薩珊王朝的祆教卻與《波斯古經》訂明的習俗有所不同。薩珊王朝的宗教政策使大量的宗教改革運動盛行，摩尼及瑪茲達克的宗教運動是當中最重要的。
薩珊王朝皇帝與國家宗教措施之間的關係錯綜複雜而且多變，例如沙普爾一世鼓勵不同的宗教共存，他本身似乎都是祖梵教的信徒，而巴赫拉姆二世則打壓少數宗教。除了基督教，沙普爾二世寬容對待其他宗教，他在君士坦丁一世信奉基督教後纔打壓基督徒。
基督教
薩珊王朝的基督徒主要屬於景教和敘利亞正教會，雖然這些教會與羅馬帝國的基督教會保持緊密的關係，但他們之間的分野明顯。景教和敘利亞正教會採用敘利亞語作爲禮拜儀式語言，不同於拜占庭基督教的希臘語。另外，由於薩珊王朝與羅馬帝國常年處於戰爭狀態，薩珊王朝試圖切斷他們與羅馬帝國的關聯，造成了東西基督教存在差異。
伊嗣埃一世在409年承認基督教是薩珊王朝正當的宗教信仰。瑪·以薩(MarIsaac)在410年被塞琉西亞與泰西封會議推選爲巴比倫牧首。
以弗所公會議的決定使薩珊王朝基督教與主流基督教在431年決裂，會議譴責敘利亞出身的君士坦丁堡普世牧首聶斯脫裏在教授基督論的時候拒絕稱呼耶穌的母親瑪利爲“上帝生母”。以弗所公會議的教義在羅馬帝國得到認同，但薩珊王朝卻不同意會議對聶斯脫裏的譴責。聶斯脫裏的牧首一職因此而被罷免，他的許多追隨者逃亡到薩珊王朝。薩珊王朝皇帝藉此排除支持羅馬的重要神職人員，並以聶斯脫裏的支持者取代他們，提升聶斯脫裏在薩珊王朝教會裏的地位，以確保這些基督徒忠於薩珊王朝，而不是忠於羅馬帝國。
薩珊王朝的大多數基督徒分佈在王朝西緣，主要是在美索不達米亞，提羅斯(Tylos，今巴林)的島嶼、波斯灣南岸、拉赫姆王國及波斯屬亞美尼亞地區都散落着一些重要的基督教社羣，當中一些地區很早就已經基督教化，亞美尼亞在301年便成爲了第一個獨立的基督教國家，而亞述地區早在三世紀就完全基督教化，但亞述人從來沒有成爲獨立國家。
其他宗教
與祅教一起在薩珊王朝共存的宗教主要是猶太教、基督教和佛教，人們在大部分時期裏都可以自由進行宗教活動及宣揚他們的宗教。薩珊王朝有相當龐大的猶太社羣，主要分佈在伊斯法罕、巴比倫及呼羅珊，他們在美索不達米亞還享有半自治的地位。直到錫安主義出現的時候，猶太社羣依舊繁茂。對猶太人的迫害只偶然發生，相對其他宗教，猶太人享有較大的宗教自由，並得到一些特權。沙普爾一世對待猶太人特別友好，他與撒母耳的友誼爲猶太人得到不少好處，他甚至向薩珊王朝的猶太人提供尼西亞白馬，猶太人傳說中的復國救主彌賽亞就是騎着馬騾的。沙普爾二世的母親是猶太人，沙普爾二世與巴比倫拉比拉瓦(Rava)份屬好友，他們的友誼使猶太人得以從針對猶太人的高壓法制當中得到喘息。另外，王朝東部多有佛教徒拜祭的地方，佛教在巴米揚等地區逐漸流行起來。
