公元11世紀，突厥人(此時早已接受伊斯蘭教)遠征北印度，當時北印度已經長期分裂，小國林立，在曠日持久的戰爭中耗盡了國力，也使人民蒙受深重的災難。突厥人挑選了一個恰到好處的時機，在極短的時間內就消滅或臣服了大部分北印國家，建立了印度歷史上第一個伊斯蘭帝國——德里蘇丹國。
突厥貴族通過武力征服的方式來傳播伊斯蘭教，其政策遠比當初的阿拉伯人激進。阿拉伯帝國擴張時期，被征服土地上的人民只要交納人丁稅就可保留信仰，阿拉伯人在宗教寬容方面遠比基督教國家做的好;但突厥人在印度的行爲卻截然不同，大肆燒殺搶掠，摧毀佛教寺院和印度教廟宇，強迫異教徒接受“先知的宗教”。佛教和印度教同時受到了嚴重打擊，但印度教經過調整和反抗後，與穆斯林征服者實現了妥協，並繼續生存發展;而佛教卻因爲種種內外原因，最終在印度消亡。伊斯蘭教可以說是踩着佛教的屍體進入印度的。伊斯蘭教向中亞、南亞、東南亞擴張的歷史幾乎就是一部蠶食、打擊佛教的歷史。
公元8世紀起，阿拉伯帝國的勢力範圍擴張到中亞，中亞大部分佛教國家和遊牧民族都皈依了伊斯蘭教;公元9-13世紀，阿拉伯人、突厥人前仆後繼地進攻北印度，並最終導致佛教在印度的絕跡。到了公元15世紀，東印度羣島(今印度尼西亞)、馬來亞的穆斯林國家又通過武力征服將佛教和印度教趕出這一地區，在東南亞構築了一個伊斯蘭文化圈。
在與伊斯蘭教的對抗過程中，佛教在多數情況下都會遭遇失敗。英國學者渥德爾曾說：“佛教教義，尤其是它反暴力的社會綱領……對伊斯蘭教的殘暴作不出直接的回答。”這一說法有些偏頗，但也不失爲一個有道理的解釋。當時印度大部分國家都支持印度教，只有孟加拉的統治者還推崇佛教，佛教失去了來自上層的保護;而在民間，佛教要麼被印度教驅逐，要麼與印度教融合，失去了自己的生命力。
此時的佛教既無下層根基又無上層支援，在伊斯蘭教面前缺乏起碼的自衛能力。而“非暴力”的信條根植於佛教思想中，佛教的教義也使佛教徒不可能自己拿起武器、組織羣衆來反抗突厥人的進攻。當印度教王公與突厥人堅持對抗，當印度教羣衆此起彼伏的起義使穆斯林統治者不得不放寬宗教政策時，佛教徒卻沒有組織起任何像樣的反抗，只有少數僧侶遠走國外，保存了一些古代印度佛教經典。
突厥征服者對佛教和印度教的殘忍是令人髮指的。根據英國學者渥德爾的引述，“穆斯林從左邊殺過去，又從右邊殺過來……被征服的人民要麼接受伊斯蘭教，要麼只有死亡一途。”許多印度教神廟和佛教寺院都在劫掠一空後被焚燒，並在其原址上建立起清真寺。
但這種燒殺搶掠對佛教的打擊更大，因爲佛教此時主要集中在北印度和東印度的少數繁華地區，突厥人只要佔領這些地區就可以徹底摧毀佛教寺院，消滅佛教的有生力量。而印度教神廟則遍佈印度各地，從大城市到小村社無處不在，突厥人無法控制印度的每一個城市和鄉村，自然也就無法根除印度教。更重要的是，印度教的哲學思想和社會綱領已經滲透到印度社會的每一個角落，任何一個外族統治者都必須利用印度教來控制印度。而佛教對印度社會雖然曾有很大影響，但卻遠沒有印度教那麼深;佛教的黃金時期早已過去，現在它的印度社會的影響有限，穆斯林很容易就能將其一舉擊潰。
穆斯林征服者對佛教的痛恨也是有理由的，因爲佛教教義和儀式與伊斯蘭教違背的地方實在太多。伊斯蘭教的核心教義是 “認主獨一”，而佛教卻認爲世界萬物沒有創造者和主宰者，一切都是因緣緣起所致;伊斯蘭教相信人死後的歸宿是末日復活和審判，佛教卻認爲人死後進入六道輪迴，而且輪迴是永遠沒有盡頭的(除非進入涅槃);伊斯蘭教相信真理來自真主的“天啓”，先知也是真主派來的，佛教卻在認爲真理是人蔘悟出來的(尤其是大乘佛教，認爲人人都可悟道成佛);伊斯蘭教最反對崇拜偶像，連禮拜時都只拜“方位”，佛教卻到處樹立並膜拜佛、菩薩、羅漢等的偶像，在穆斯林眼中成爲“最邪惡的偶像崇拜者”……
總之，伊斯蘭教和佛教之間的鴻溝異常巨大，原先被穆斯林征服的拜火教徒、猶太教徒、基督教徒、摩尼教徒等，與穆斯林的共同點都比佛教大(當然，這只是我的個人看法，未必正確)。突厥人此時已經變成了狂熱的穆斯林，在排除異己方面遠遠超過當年的阿拉伯人，面對如此異己的佛教徒，訴諸極端暴力也就不足爲奇了。
公元12世紀末到13世紀初，突厥人攻入比哈爾和孟加拉，印度最後殘存的佛教大寺飛行寺、那爛陀寺和超巖寺都被洗劫一空，僧侶要麼被殺，要麼逃逸。這標誌着在印度傳承1700餘年的佛教的消亡。或許佛教消亡的直接原因的確是“對伊斯蘭教的殘暴做不出直接回答”，但它消亡的根本原因決不是伊斯蘭教的打擊。如果不是佛教過於嚴重的部派鬥爭，如果不是大乘佛教的密教化，如果不是印度教改革吞噬了佛教的生存空間，如果不是印度的政治經濟環境變的不利於佛教發展，如果不是佛教在印度民間已經喪失了存在的根基，佛教是不會在這麼短的時間內消亡的。穆斯林征服者只給了佛教最後的致命一擊，此時的印度佛教早已不是生氣勃勃的穆斯林的對手了。
在突厥貴族遠征印度時，印度教和佛教一樣受到了打擊，神廟和經典被焚燒，信徒被迫改宗。印度教在民間的根基和在上層得到的支持遠非佛教可比，穆斯林征服者很快發現要消滅印度教是不現實的。佛教對突厥人的殘暴做不出直接回答，印度教卻可以依靠上層王公和下層平民武裝對抗突厥人，讓被迫向印度教做出讓步;佛教集中在少數地區，很容易喪失生命力，而印度教卻根植印度社會的每個角落，也是外來征服者需要依靠的力量。因此印度教從一開始就註定不可能被伊斯蘭教征服，而是會達成妥協。
突厥人在建立德里蘇丹國的過程中，開始對印度教和佛教都採取斬盡殺絕的態度;但此後很快就對印度教採取了比較寬容的政策。這不僅僅是因爲印度教徒的抵抗，也是由於德里蘇丹國從一開始就面臨着其他內憂外患。成吉思汗正在建立蒙古帝國，蒙古人的兵威如日中天，其前鋒甚至曾經到達印度河流域;另外，中亞的其他穆斯林國家或遊牧民族也對富庶的印度虎視眈眈，隨時準備步突厥人的後塵入侵印度。另外，在入侵的穆斯林中也發生了分裂，統治集團內部矛盾激烈，內亂、政變層出不窮。在這種危急形勢下，如果繼續對印度教實行迫害，無異於自殺。因此穆斯林統治者採取了一定的寬容措施，改變了開始時的殘暴政策，改爲對印度教徒徵收人丁稅。
必須承認，德里蘇丹國的宗教寬容是很不徹底的，也是不情願的。印度教羣衆揹負很重的稅收，除了人頭稅外，各項稅率都比穆斯林重;只要有清真寺的鄉村，就不能再建立印度教的神廟;印度教徒在行政和司法體系裏基本沒有地位，當不了高級官員;在訴訟時，只要一方是穆斯林，就得按照伊斯蘭教法審判，對非穆斯林顯然不公平。
許多蘇丹不是無心打擊印度教，而是沒有能力打擊印度教，因爲德里蘇丹國實力有限，許多印度王公只是在形式上臣服而已，離實質的統一還有很大差距。尤其是南印度，只有短短几十年時間歸於德里蘇丹國版圖，其餘時候都處於封建割據狀態。到了德里蘇丹國中後期，蒙古人和帖木爾帝國不斷入侵，蘇丹國內部也出現突厥貴族和阿富汗貴族爭奪權力的激烈鬥爭，實際上已經陷入四分五裂之中。可以說，德里蘇丹國的統治者從來沒有足夠實力使印度伊斯蘭化，甚至沒有實力使北印度伊斯蘭化。在衆多的印度教王公領地中，伊斯蘭教的影響力實在有限。
另外，即使在德里蘇丹國直接管轄的範圍內，伊斯蘭教也不能佔據完全的統治地位。因爲整個印度的社會結構是以印度教爲基礎的，尤其是在廣大鄉村，沒有印度教就無法維持統治，沒有印度教就無法收稅(德里蘇丹國的稅收系統大部由印度教徒把持)。對於廣大印度農民來說，印度教是他們祖祖輩輩的宗教，雖然它有種姓制度等許多壓迫人民的主張，但這些主張也已經滲透到印度人的骨髓裏去了，是他們民族文化不可或缺的一部分;讓他們皈依伊斯蘭教難度不小。
印度教沒有一個固定的中心，這也使它具有異常的靈活性和包容性，它就是以這個優點戰勝了佛教，現在又以這個優點在伊斯蘭教面前得到保全。它可以隨時吸收一切其他宗教的優秀特點，伊斯蘭教的一神思想就深深影響了印度教。其實印度教從多神教向一神教的轉化早在8世紀商羯羅改革時期就已經開始，商羯羅吸收了佛教中的許多哲學因素，將過去神學理論發展不足的婆羅門教改造爲神學理論比較發達的印度教，他的“純粹不二論”實際上是一神論的，這也使印度教容易接受伊斯蘭教的一神論。
在與伊斯蘭教的長期鬥爭、交流之後，正如馬克思所說，印度教“既是多神論的宗教，又是一神論的宗教;既是崇拜偶像的宗教，又是反對偶像的宗教……”也就是實質上的一神論和表面上的多神論。表面上的多神論有助於它爭取廣大下層人民的信仰，實際上的一神論則使它的神學思想更加嚴謹，更容易贏得上層知識分子的青睞。從這個角度來看，伊斯蘭教對印度教的發展貢獻還不小，它使印度教變的更加富有生命力了。婆羅門教從佛教中吸收營養成爲印度教，而早期印度教則從伊斯蘭教中吸收營養成爲更成熟的印度教。
印度的伊斯蘭教也受到了印度教的許多影響，這主要體現在社會綱領上，尤其是種姓制度上。伊斯蘭教本來是講究信徒人人平等的，與佛教類似;但在印度的長期傳播中，也受到印度教種姓制度的感染，尤其是由印度教改宗的穆斯林，許多都保留了他們原來的種姓地位。現在印度次大陸的清真寺做禮拜時，各個種姓的信徒都是分開禮拜，信徒中可以看到明顯的等級差別。這在整個伊斯蘭世界即使不是絕無僅有，恐怕也是非常罕見的。伊斯蘭教的神學思想也和印度教互相滲透，到了莫臥兒帝國時期終於形成了一種結合印度教和伊斯蘭教特色的新宗教——錫克教。現在印度次大陸的印度教和伊斯蘭教之間可謂有千絲萬縷的聯繫，這兩大宗教可謂在鬥爭中妥協，在和平中摩擦，達到宗教文化的交流和部分融合。
不穩定的德里蘇丹國沒有使印度伊斯蘭化，印度教與伊斯蘭教的文化交流也沒有充分展開。但在隨後的莫臥爾帝國時期，伊斯蘭教被傳播到幾乎整個印度，印度教和伊斯蘭教的交流融通也更加明顯。莫臥爾帝國的統治者在宗教政策上也比德里蘇丹國的統治者明智許多，在大部分時候都能做到宗教寬容，在莫臥爾帝國前期，印度各大宗教的交流可以說是最頻繁的。但這已不屬於筆者定義的“印度中世紀”範疇了。當然，中世紀印度教與伊斯蘭教的鬥爭、交流是莫臥爾時期兩大宗教鬥爭、交流的基礎，德里蘇丹國的宗教政策雖然比較偏頗，但也在某種程度上促進了印度各宗教的互相理解。
