當天主教在日本蓬勃的發展的時候，德川幕府意識到天主教的發展對自己整個國家的統治有威脅的時候，德川幕府便行了嚴厲的禁教政策，和嚴厲的鎖國令。其實德川幕府實行鎖國令的根源，就是自己的統治受到了威脅。
主要內容
內容
1、禁止日本船出海貿易和日本人與海外往來，偷渡者要處以死刑;
2、取締天主教的傳教活動，對潛入日本的傳教士應該予以告發和逮捕，以防止天主教在日本的蔓延;
3、對駛抵日本的外國船隻實行嚴密的監視，貿易活動也由幕府進行嚴格的管制。
這樣，日本的“鎖國體制”最終確立起來了。
目的
德川幕府實行鎖國政策的主要目的，是爲了鞏固和加強幕府的統治，維護封建的剝削制度。日本實行鎖國政策，制止了西南大名利用海外貿易增強割據實力的傾向，鞏固了德川幕府在全國的統治地位。
其次，全面禁止日本商人出海進行貿易，切斷了國內商業資本與海外市場的直接聯繫，抑制了商品經濟的發展，使小農經濟免受衝擊，以維護封建的剝削制度。
再次，在日本的歷史上，被壓迫的羣衆曾以宗教爲旗幟進行過武裝暴動，由此可根除宗教在日本農民中的影響，鞏固自己的統治地位。
危害
德川幕府實行鎖國政策，從其主觀動機來說，無疑爲了防範西方殖民主義勢力的滲透、維護日本的國家獨立，從客觀的效果來看，在一定的時期內也確實起到了預期的作用。但從長遠看，這種政策只能延緩民族危機的來臨，而其最終的結果必然釀成更爲嚴重的危機。因爲：
(1)在日本實行鎖國的200多年間，西方世界發生了巨大變化，先是資產階級革命，資本主義制度的確立，再到工業革命的開展，使西方國家的實力增強;而日本由於實行鎖國政策，貿易停滯，使國內經濟幾乎與世界市場隔絕，嚴重地影響了新的資本主義因素的發展，延緩了封建經濟解體和資本原始積累的進程。同時與外國交流終止，使江戶時期的日本文化失掉了開闊與雄偉的精神。這就使本來已經落後的日本，進一步被資本主義的西方拋在後面。
(2)鎖國政策鞏固了幕藩封建體制，當這一體制逐漸成爲社會經濟發展的障礙時，鎖國政策的反動作用也就更加明顯了。
略歷
元和二年(1616年)中國(明朝)以外的船隻限定停泊於長崎及平戶
元和九年(1623年)英國的平戶商館被關閉。
寛永元年(1624年)與西班牙斷交，禁止船隻進入。
寛永八年(1631年)奉書船制度開始。朱印收以外的朱印船必需有老中奉書。
寛永十年(1633年)第1次鎖國令。禁止奉書船以外船隻渡航。此外，禁止滯留外國5年以上的日本人回國
寛永十一年(1634年)第2次鎖國令。再次通達第1次鎖國令的內容。
寛永十二年(1635年)第3次鎖國令。中國(明朝)、荷蘭以外的船隻只能進入長崎，禁止所有在外的日本人回國。
寛永十三年(1636年)第4次鎖國令。與貿易沒有關係葡萄牙人妻子(包括日本混血兒)總共放逐了287人到澳門，其餘滯留在出島
寛永十四-十五年(1637年-至1638年)島原之亂。
寛永十六年(1639年)第5次鎖國令。禁止葡萄牙船隻入港。
寛永十七年(1640年)葡萄牙船隻要求再次通商。幕府處死61名使者
寛永十八年(1641年)鎖國制度完成。荷蘭商館遷移到出島。
正保四年(1647年)2艘葡萄牙船來到日本，要求恢復外交關係。幕府拒絕。
幕府態度
在頒佈“異國船打退令”後，日本鎖國邁向了完全的態勢。後來卻發生了“摩利遜號事件”，使得幕府的態度改變。一艘美國船“摩利遜號”接載日本難民前往九州卻差點遭受炮擊，導致了日本國內的不滿。後來幕府爲了鎮壓反對鎖國的人們，下令予以逮捕，也就是“蠻社之獄”。在清朝鴉片戰爭戰敗後，日本無法堅持鎖國制度，所以頒佈“薪水給予令”，讓所有異國船在來到日本本土後禁止上陸，只是提供柴薪、食物和水後離開。
黑船事件
1853年和1854年美國海軍軍官佩裏(又作培理)分別率領五艘和七艘軍艦(日本方稱爲黑船)從浦戶和江戶灣登陸，並呈交美國總統的國書。(史稱“黑船來航”)在1854年的來訪中籤訂“日美和親條約”。1858年日本和美國簽訂“日美修好通商條約”和“安政條約”(美，荷，俄，英，法)，鎖國告終。
對外貿易
大致上可分爲兩種
第一種是由幕府直接控制，在長崎負責荷蘭以及中國之間的貿易。
第二種是由藩主，與該國特定的貿易，即對馬藩的宗氏與朝鮮、薩摩藩島津氏與琉球國、鬆前藩鬆前氏與蝦夷(北海道)的對外貿易，這四個港口開放，被日本稱爲四口。
附
1633年，譯文據中川清次郎著《西力東漸本末》，1943年版，第196-198頁。
一、除特許船隻以外，嚴禁其他船隻駛往國外。
二、除特許船隻以外，不得派遣日本人至外國。如有偷渡者，應處死罪，偷渡船及船主，一併扣留。
三、以去外國並在外國構屋營居之日本人，若返抵日本應即處以死罪。但如在不得已之情勢下，被迫逗留外國，而在五年之內歸來日本者，經查明屬實，並系懇求留住日本者，可予寬恕。如仍欲再往外國者，即處死罪。
四、如發現有耶穌教蔓延之處，汝二人①應即前往戒諭。
五、發現耶穌教教士者，應予以褒賞。告發人之功績優良者，賞銀百枚。其他告發人，依其忠行情節，酌量褒賞。
六、外國船來到，應即呈報江戶。並應按照往例，通告大村藩主，請其派遣監視艦船。
七、如有發現傳播耶穌教之“南蠻人”或其他邪言惑衆者，應即押解至大村藩之牢獄。
八、外國船所在各種貨物不得由某一地方全部包購。
九、禁止官吏在長崎直接購買外國船之貨物。
十、外國船之貨物應列單呈報江戶。但可以按照往例令其交易，不必等待江戶批示。
十一、外國船裝來之生絲，應於確定價格後，全部分配於五處②。
十二、生絲以外之其他各種貨物，應在生絲價格確定後，按絲價標準，各立行情，進行交易。(附：貨物之買賣，限於價格確定後二十日內交易完畢。)
十三、外國船之歸期，限於9月20日以前，遲到之船，其歸期限自駛到之日起，五十日以內。
十四、禁止外國船將賣剩之貨物寄存於日本，並禁止日本人接受此等寄存。
十五、五處之商人限於7月20日以前抵達長崎。遲到者不列入分配額中。
十六、駛抵薩摩、平戶及其他任何之港口，交易必須按照長崎之絲價，在長崎絲價未確定前，不準交易。
上列諸條，應各遵守查照辦理。
寬永10年2月28日 此令 曾我又右衛門 今村傳四郎 幕府五大臣印
