美國海軍情報局在與英國以及荷蘭相關單位緊密的合作下，開始成功的解讀日本海軍主要通訊系統JN-25的部分密碼。到了五月上旬，聯軍在破解JN-25上取得了重大的突破，也因此得到了窺探日本海軍計劃的能力。JN-25讓聯軍得悉‘AF方位’將會是日本海軍的下一個攻擊目標，然而聯軍就偏偏破解不到‘AF方位’的位置。一些美軍的高層將領認爲‘AF方位’便是中途島，另外一些則認爲是阿留申羣島。然而任憑聯軍解碼科技多麼的先進，也仍然無法破解‘AF方位’的正確位置。正當美軍高層在傷腦筋的同時，一名年輕軍官卻想到了一個能夠確認‘AF方位’是不是中途島的妙計。他要求中途島海軍基地的司令官以無線電向珍珠港求救，說中途島上的食水供應站出現了問題，導致整個中途島面臨缺水的危機。不久後，美國海軍情報局便截奪到一則JN-25信息，內容果然提到了‘AF方位’出現缺水問題。結果‘AF方位’便證實爲中途島，也就是日本海軍的下一個攻擊目標。
由於要從JN-25得到情報非常費時，美國太平洋艦隊司令海軍上將切斯特·尼米茲到了最後一刻才掌握了能夠用來埋伏日本艦隊的可靠情報。他立即召回了在太平洋西南方的航空母艦企業號(CV-6 USS Enterprise)、大黃蜂號(CV-8 USS Hornet)以及因爲參與珊瑚海海戰而正在珍珠港進行重大維修的約克城號(CV-5 USS Yorktown)。任命雷蒙德·斯普魯恩斯少將代替患病的哈爾西中將指揮第16特混編隊。尼米茲就準備以三艘約克城級航空母艦爲主力，再加上約五十艘支持艦艇，埋伏在中途島東北方向，攻擊前往中途島的日本艦隊。
在珊瑚海海戰受重傷的約克城號返回珍珠港時，她看上去需要進行幾個月的重大維修工程。經過七十二小時(根據《國家地理：戰爭風雲》提供的資料爲二十四小時)不眠不休的搶修，她的飛行甲板已重新鋪平，內部也裝上新的鋼條支撐架，艦載機組成新的艦載機隊。尼米茲上將不惜一切地違反了許多海軍條例，就爲了達成讓約克城號隨行的目標。在約克城號入港的僅僅三天後，她奇蹟般的隨着美軍艦隊(第17特混編隊)奔向中途島，展開她的最後一次作戰任務。與此同時，日本海軍參加珊瑚海海戰的航空母艦瑞鶴號在位於特魯克(Truk)的基地等待一批新的艦載機;受傷的翔鶴號則在基地進行維修。如果日本海軍沒有大意，以爲美軍只會派遣兩艘航母企業號及大黃蜂號迎擊蒼龍號，飛龍號，赤城號以及加賀號的話，那麼中途島海戰，將可能會有迥然不同的結局。
