因爲沙漠中資源匱乏，大多就成了人跡罕至之地，因此發生在沙漠中的很多事也就更加難以找到答案了。
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一、沙漠寶石 科學家對圖坦卡蒙法老的聖甲蟲寶石頗感興趣，認爲它形成時間早於埃及文明。他們猜測這種絢麗寶石可能形成於撒哈拉沙漠隕星碰撞或者隕星空中爆炸，但由於未在撒哈拉沙漠發現任何碰撞隕坑，從而認爲隕星在地球大氣層爆炸的可能性較大，火球使撒哈拉沙粒溫度達到1.8萬攝氏度，最終融化成神祕晶體。
二、神祕蜘蛛藝術 埃及西部沙漠發現破損的蜘蛛藝術品碎片，盧克索西部175公里處赫迦綠洲一塊砂岩上描述着神祕古老的蜘蛛岩石藝術，在黎明時分，可以看到岩石上的繪畫類似於蜘蛛網和蜘蛛，甚至誘捕的獵物。埃及古物學家認爲，這些遠古蜘蛛藝術的歷史可追溯至公元前4千年，甚至早於史前文明。
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三、納布塔普拉雅石陣 位於撒哈拉沙漠的納布塔普拉雅石陣(Nabta Playa)歷史甚至比史前巨石陣早1000多年，該石陣包含着豎立和平置的石柱，這些石柱重量達到數噸，一些高度達到2.7米。考古學家認爲是 6000-6500年前未知石器時代人類建造的，可能是迄今最古老的天文測算巨石結構。
四、皮斯科洞 由於祕魯皮斯科洞鄰近納斯卡線條，其知名度並不高，皮斯科洞位於祕魯皮斯科峽谷沙漠乾旱地區，是數千個錐形洞結構，迄今爲止考古學家並不知道是何人建造的。一些理論認爲，這是某些神祕古代居民建造的糧倉或者墳墓，但事實上它的深度達到兩米，不太可能用於存儲食物或者掩埋屍體。
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五、阿塔卡馬沙漠硝酸鹽 達爾文曾稱阿塔卡馬沙漠是一個“什麼都不存在的地方”，這個南美沙漠被認爲是地球上最乾旱的地區，但是這裏擁有世界上數量最多的硝酸鹽和碘沉積物。可能的解釋是這些礦物質與太平洋延伸50公里有關，大氣氮通過結合土壤和鹽，轉變成爲硝酸鹽;本地山脈上升時，遠古富含礦物質的水涌至地表。
六、仙女圈 納米比亞沙漠分佈着數百萬個圓圈狀結構，其邊緣分佈着高度至膝蓋的草，但是圓圈中心卻是光禿禿的。多年以來，科學家對此迷惑不解，曾有多種解釋理論白蟻吞食營養物質所致;斑馬等動物的棲息地;有毒植物和真菌殺死圓圈中的植物等。目前最新研究認爲，神祕沙漠仙女圈是植被爭奪營養物質的結果。
