第二次車臣戰爭，於1999年8月26日起，俄羅斯聯邦在這次戰爭中重新奪回對車臣的控制權。
在莫斯科、布伊納克斯克等城市接連發生多宗炸彈爆炸案後，俄羅斯政府指責是車臣分離主義分子所爲。1999年10月1日俄羅斯部隊進入車臣。俄軍的行動終結了車臣伊奇克里亞共和國當時實質上的獨立，使聯邦政府重新控制該地區。
在戰爭初期，俄軍及車臣當地的親俄民兵聯手對抗車臣分離分子，經過冬季圍城後，於2000年初奪取了車臣首府格羅茲尼。車臣分離分子在此後數年繼續以游擊戰形式對抗俄軍並殘忍殺害戰俘。另外車臣叛軍也有發動針對平民的恐怖襲擊，並焚燬作爲俄羅斯族宗教場所的東正教教堂。然實際上俄軍及叛軍雙方也都被指犯有不少侵犯人權的事件。
到2009年止，俄羅斯大致上已經重創了叛軍的活動能力，大規模的戰鬥已停止。俄國陸軍及內務部隊不再駐守各條街道。在戰爭中損毀嚴重的格羅茲尼正在重建中。不過北高加索地區仍有零星的暴力事件;偶然有以俄聯邦及地方政府部隊爲目標的炸彈爆炸及伏擊發生。
2009年4月16日，俄羅斯政府官方宣佈車臣的反恐行動正式結束。三個月後，流亡外地的車臣分離分子領導人艾哈邁德·扎卡耶夫要求從8月1日起對車臣警察實施停火，他表示希望“從這一天起車臣人不會再向同胞開槍”。
戰爭中的準確死亡數字不明，非官方估計有25000人至50000人死亡或失蹤，大多數是車臣平民。俄羅斯方面逾5200人陣亡(根據俄國官方數字)。有民間團體估計俄軍方面(至2005年)有約14000人陣亡。
戰爭背景
1999年8月7日沙米爾·巴薩耶夫指揮5000多名武裝分子聚集於達吉斯坦和車臣邊境，分兩路攻入達吉斯坦，向俄軍猛烈進攻，企圖繼在車臣趕走俄軍以後再在達吉斯坦打敗俄軍，以實現車臣、達吉斯坦脫離俄羅斯而建立獨立的伊斯蘭原教旨主義國家的目的。1999年10月份，俄羅斯聯邦軍隊開入車臣，第二次車臣戰爭開始了。
面對巴薩耶夫的進攻，8月10日，剛剛成爲總理的普京就與總統葉利欽及有關部門領導人討論了車臣形勢。普京表示：“車臣是一個被匪徒和宗教極端分子佔領的地區，是從外部攻擊和內部顛覆(俄羅斯)的前哨陣地”，對車臣匪幫“如果今天不動手,明天損失會更大”。“不管車臣匪徒藏在何處，俄軍都將把他們消滅”。
普京請求葉利欽賦予他指揮行動和協調各強力部門的全權。在得到允許後普京便馬上開始扭轉強力部門的工作局面。他每天都召集這些部門的領導人到自己的辦公室，一次次地要求他們把所有資源聚集成一股力量。他還召開了安全委員會擴大會議，在會上他表示，在高加索地區出現的踐踏法律和恐怖主義行動是不能容忍的，必須採取措施整頓那裏的秩序和紀律。
他說，俄羅斯領導人已向聯邦和地方權力機關下達了任務，根除那裏產生騷亂的禍根。普京向新聞界宣佈，在達吉斯坦活動的武裝分子中有車臣武裝分子，俄政府已經爲整頓達吉斯坦的秩序制定了一整套方案，並得到了葉利欽總統的批准，同時宣佈成立恢復達吉斯坦正常秩序軍事司令部。
