除了錦衣衛之外，明朝還有另外兩個特務機構，那就是東廠和西廠。東廠的建立者是明成祖朱棣。在發動“靖難之役”奪取了侄子的皇位後，朱棣一直擔心帝位不穩，一方面，建文帝未死的流言不時出現，另一方面，朝廷中的很多大臣對他並不十分支持。爲了鞏固政權，朱棣迫切需要一個強有力的專制機構，但他覺得設在宮外的錦衣衛使用起來還不夠用，於是決定建立一個新的機構。在朱棣起兵的過程中，一些宦官出過很大的力，如著名的鄭和、道衍等人，所以在他心目中，還是覺得宦官比較可靠，而且他們身處皇宮，聯繫起來也比較方便。
就這樣，在明成祖遷都北京之後，建立了一個由宦官掌領的偵緝機構，由於其地址位於東安門北側，因此被命名爲東廠。東廠的職能是“訪謀逆妖言大奸惡等，與錦衣衛均權勢”，起初，東廠只負責偵緝、抓人，並沒有審訊犯人的權利，抓住的嫌疑犯要交給錦衣衛北鎮撫司審理，但到了明末，東廠也有了自己的監獄。東廠的首領稱爲東廠掌印太監，也稱廠主和廠督，是宦官中僅次於司禮監掌印太監的第二號人物。除此以外，東廠中設千戶一名，百戶一名，掌班、領班、司房若干，具體負責偵緝工作的是役長和番役，役長相當於小隊長，也稱檔頭，番役就是我們俗稱的番子。
東廠的偵緝範圍非常廣，朝廷會審大案、錦衣衛北鎮撫司拷問重犯，東廠都要派人聽審;朝廷的各個衙門都有東廠人員坐班，監視官員們的一舉一動;一些重要衙門的文件，如兵部的各種邊報、塘報，東廠都要派人查看;甚至連普通百姓的日常生活，柴米油鹽的價格，也在東廠的偵察範圍之內。東廠獲得的情報，可以直接向皇帝報告，相比錦衣衛必須採用奏章的形式進行彙報，要方便得多。
東廠府衙，大廳左側供奉着岳飛的雕像，右側刻着胰式芏案的故事。歷屆東廠廠主的牌位，供奉在大廳西側的祠堂裏，堂前還有一座“百世流芳”的牌坊。可惜東廠人員的所作所爲與這些擺設實在相差太遠。
東廠番子每天在京城大街小巷裏面活動，並非完全爲朝廷辦事，更多的是爲自己牟私利。他們常常羅織罪名，誣賴良民，之後就屈打成招，趁機敲詐勒索。到了明中後期，東廠的偵緝範圍甚至擴大到了全國，連遠州僻壤，也出現了“鮮衣怒馬作京師語者”，搞得舉國上下人人自危，民不聊生。在與錦衣衛的關係上，東廠則是後來居上。由於東廠廠主與皇帝的關係密切，又身處皇宮大內，更容易得到皇帝的信任。東廠和錦衣衛的關係，逐漸由平級變成了上下級關係，在宦官權傾朝野的年代，錦衣衛指揮使見了東廠廠主甚至要下跪叩頭。
與東廠相對的是西廠，西廠在歷史上只短期存在過，明憲宗成化年間，先是京城內出現了“妖狐夜出”的神祕案件，接着又有一個妖道李子龍用旁門左道蠱惑人心，甚至網羅了很多太監，意圖不軌。雖然李子龍和他的黨徒最終被錦衣衛一網打盡，但明憲宗由此深感偵刺力量的不足。於是他身邊的小太監汪直被選中，派往宮外打探消息。汪直抓住了這個機會，到處捕風捉影，蒐羅了不少所謂的“祕密消息”報告給了憲宗。憲宗認爲這些消息很有價值，對汪直的表現也十分滿意，要他繼續做下去。
幾個月後，憲宗成立了一個新的內廷機構——西廠，首領便是汪直。西廠的軍官主要從禁衛軍中選拔，這些人再自行選置部下，短短几個月內，西廠人員極度擴充，其勢力甚至超過了老前輩東廠。西廠的成立，本來只是爲了替皇帝刺探消息，但汪直爲了升官發財，拼命地構置大案、要案，其辦案數量之多、速度之快、牽扯人員之衆都遠遠超過了東廠和錦衣衛。
西廠在全國佈下偵緝網，主要打擊對象是京內外官員，一旦懷疑某人，就立刻加以逮捕，事先不必經由皇帝同意，之後當然就是嚴刑逼供，爭取把案件弄得越大越好。對一般百姓，其一言一行只要稍有不甚，就會被西廠以妖言罪從重處置。
在這種情況下，西廠僅僅成立5個月，就弄得朝野上下人心惶惶，以大學士商輅爲首的輔臣集體上書，向憲宗痛陳西廠之危害，並將汪直辦下的不法之事一一舉報。憲宗收到奏章後爲之震驚，於是撤銷西廠，遣散了西廠的人員。但沒有西廠的日子總讓憲宗覺得沒有安全感，奸臣戴縉在得知皇帝的心思後，主動上書，大肆吹捧汪直。憲宗大喜，立刻恢復西廠，廢與舉之間，只相隔一個月。汪直復出後，更加嚴酷地辦案，戴縉也得以升職。
在此後的5年裏，汪直領導西廠又辦下了無數“大案”，將反對自己的朝臣如商輅、項忠等一一剪除，他的權勢也達到了極點。後來，汪直極度膨脹的權力引起皇帝的警覺，汪直最終被調出京城，西廠也隨之解散。
明武宗繼位後，大太監劉瑾掌權，宦官勢力再度興起，西廠復開，由太監谷大用領導。這時西廠和東廠都受劉瑾的指揮，但兩者之間不是互相合作，而是爭權奪利，互相拆臺。
爲了改變這種情況，劉瑾又自建了一個內行廠，由本人直接統領，其職能與東西廠一樣，但偵緝範圍更大，甚至包括東西廠和錦衣衛。一時間，錦衣衛、東西廠、內行廠四大特務機構並存，緹騎四處，天下騷動。直到劉瑾倒臺，武宗才下令撤銷西廠和內行廠。
廠衛特務制度是皇帝個人爲了維護自己的統治實行的個人政治措施，它最大的功效就是你無法知道自己是否正在被特務監視，從而產生一種自己隨時處在監視之中的感覺。任何一點不夠“老實”的動作，都可能造成無法預估的可怕後果，從而不敢有任何輕舉妄動，只能乖乖地做個順民。但特務們權力傾軋，殘害忠良，最終倒黴的，還是整個國家!
