繩紋時代人們居住在自己建造的豎穴式房屋之中，但也有利用自然山洞和巖下作爲住處的。
豎穴式房屋是從地面下挖50公分左右，四周用幾根木柱支撐屋頂。房屋的平面形狀爲圓角方形、方形、梯形、圓形、橢圓形等。前期以後，室內中央設有爐竈。豎穴式房屋和由豎穴式房屋組成的村落遺址，在日本發現多處。這些遺址在不同程度上反映當時氏族公社的社會面貌。
茨城縣花輪臺貝家是屬於繩紋早期的遺址，在這裏發現5所豎穴式房屋遺址和陶器。房屋遺址有重疊的，陶器也有繩紋和無紋兩類。由此推定，花輪臺遺址是經由兩個時期的居住區。一個時期只有二三所房屋，一屋中居住四五個人。在幹葉縣市川市姥山貝家的一所豎穴式房屋中發現成年男女遺骨各兩具和小兒遺骨一具。姥山貝家是繩紋中期的遺址。從這一豎穴，可以推定前期豎穴式房屋居住的人數和生活情景。一所房屋按居住四五個人計算，二三所房屋只有十幾個人。繩紋早期的村落大都在丘陵和臺地頂端或斜坡上，一般規模小，延續時間短，這是當時人們爲了尋找食物不斷遷徒的緣故。這種小型村落是氏族的聚居區，豎穴式房屋是氏族公社成員的住處。
前期村落規模較大，延續時間較長。橫濱市南掘貝家是繩紋前期的遺址。遺址位於臺地的南坡上，佔地面積5000平方公尺左右。從這裏發現50所大小基本相等的豎穴式房屋遺址。房屋有重疊的。有的房屋被貝殼層埋沒。出土的陶器分爲三種形式。可見村落持續時間相當長，日本學者認爲約爲300年左右。
遺址中央有南北約60公尺，東西約35公尺左右的廣場。廣場中間只有一個大石 盤。房屋圍繞着廣場，以馬蹄形排列着。由此可以看出，廣場是討論當天生產，分配勞動果實以及開會、祭祀的場所。大石盤是共同使用的碾磨工具。在這個村落中人們過着共同勞動和分配的原始共產主義生活。
