被稱爲明治維新之尾聲的箱館戰爭(1868~1869，明治元年~二年)，以蝦夷(現北海道)爲主要戰場，常被稱爲日本近代史上首次以海上力量決定勝負的戰爭。
幕末時期海軍
弘化三年(1846)，官員阿部正弘(Masahiro Abe)提出爲了保障江戶城的臨海地帶和海岸防衛，必須建造擁有堅固防禦能力的軍艦，但是由於鎖國政策和禁止建造大型船舶的條令，他的設想無法實現。嘉永六年(1853)佩裏提督帶領的"黑船"啓動了日本開國的歷史，阿部遂取消大船禁造令，着手創設日本的海軍。安政二年(1855)，在長崎建立了海軍傳習所，阿部提升勝麟太郎(Rinntarou Katsu，即勝海舟 Kaisyuu Katsu)任海軍總指揮，次年，他以海上貿易爲先導，提出"富國強兵"的政策(明治維新後，日本政府沿用這一政策，進而由於國內的經濟蕭條而走上了窮兵黷武的路線)。當阿部於安政四年病死之後，勝海舟繼承他的意志向荷蘭訂購了炮艦"開陽"(Kaiyou)，並且派遣以榎本釜次郎(Kamajirou Enomoto)爲首的一批海軍學員出國留學，同時於神戶開設海軍操練所，開始爲未來的海軍擴張而構築地基。到了慶應三年的時候(1867)，德川幕府已經擁有8艘軍艦，雖然艦隻都是從西方列強手中東買西湊、新舊不齊，但是對地方各藩還是有着壓倒性的優勢-當時各藩各自只擁有一、二艘軍艦。
慶應三年十二月(除註明外均沿用舊曆，下同)，德川幕府在倒幕戰爭中接連失敗，主要勢力幾乎被掃平。緊接着，明治政府於次年(1868，明治元年)1月發動了清剿幕府殘餘勢力的戊辰戰爭，政府軍於伏見、鳥羽之戰大破幕府軍，進逼江戶。4月11日，江戶的勝海舟經過與西鄉隆盛的會談，決定開城投降，並且命令停泊在品川海峽的幕府海軍所有艦隻向政府軍投降。
按照當時的海軍實力對比，倒幕各藩的海軍戰鬥艦只如下:薩摩藩2艘-"春日"(Kasuga)、"乾行"(Kennkou);長州藩1艘-"丁卯"(Teiu);肥前藩2艘-"電流"(Dennryuu)、"孟春"(Mousyunn)。政府軍的以上艦隻無論從數量或者性能上來說都無法和幕府軍經營多年組織的艦隊相比，因此幕府海軍副司令榎本武揚(Takeaki Enomoto，即前文所說的榎本釜次郎)表示異議，並且率領艦隊駛向安房館山海峽。爲了不刺激政府軍的神經，勝海舟親自前往館山說服榎本將艦隊帶回品川海峽。經過商談，榎本接受了一個折中提議，於4月28日將手中"觀光"(Kannkou)、"富士山"(Fujiyama)、"朝陽"(Cyouyou)、"翔鶴"(Syoukaku)這四艘軍艦移交給政府軍，至此幕府海軍還剩下四艘戰鬥艦只:"開陽"、"迴天"(Kaitenn)、"蟠龍"(Bannryou)、"千代田形"(Chiyodagata)，另有運輸艦四艘:"鹹臨"(Kannrinn)、"長鯨"(Cyougei)、"美嘉保"(Mikaho)、"神速"(Jinnsoku)。
然而即便如此，政府軍仍舊將幕府海軍看作一塊心頭大病，其主要原因在於幕府的主力戰艦"迴天"，該艦由荷蘭承建，建成後由榎本武揚親自押船回到日本，排水量2815噸，三桅風帆·蒸汽混和動力，最高速度12節，裝有160毫米克虜伯長身管加農炮18門、30磅炮8門(後又加裝了9門)，爲當時日本最強的戰鬥艦。只要"開陽"掌握在榎本手中，政府軍就無法壓制住幕府軍的海上力量。
江戶開城之後，和東北部奧羽越列藩同盟舊勢力合流的幕府軍被政府軍擊潰;在江戶城，政府軍也只是於5月15日在上野遭到準軍事武裝"彰義隊"的襲擊，此類抵抗最後被全部擊潰。奧羽越列藩同盟要求一直在品川海峽坐鎮觀望的榎本武揚前往援助，但由於榎本向政府軍提出優待德川氏和舊幕臣的要求，正在等候回覆，因此並沒有予以迴應。5月24日，明治政府許諾將德川氏轉封到駿河，給予70萬石的待遇，不過對幕府舊臣卻並未寬容。8月15日，政府依照許諾安置了德川氏，至此，榎本認爲已經沒有必要繼續鎮守品川海峽。
蝦夷成立
8月19日(公曆10月4日，以下類推)，榎本率領艦隊衝出江戶灣，向仙台·鬆島灣駛去。榎本表面上是去援助奧羽越列藩同盟，實際的目的是駛向蝦夷，在那裏建立新的根據地-這一點，榎本在4月23日已經向勝海舟作過闡述。但由於當時正值颱風季節，榎本艦隊於8月22日在鹿島灘遭遇暴風襲擊，艦隻面臨被打散的危險，不得不回到鬆島灣集結。這次事故中榎本損失了運輸艦"鹹臨"和"美嘉保"，剩餘6艘艦隻陸續向鬆島灣集結，而且它們都遭到不同程度的損壞，需要進行修理。在榎本艦隊重新集結期間，仙台藩和會津藩先後嚮明治政府投降，列藩同盟軍基本崩潰，殘餘勢力在鬆島和幕府軍的殘部會合，其中也包括原陸軍奉行大鳥圭介(Keisuke Ootori)和祕密警察組織"新撰組"副局長土方歲三。榎本徵用了仙台藩的運輸艦"大江"(Ooe)和"鳳凰"(Houou)用以填補"鹹臨"和"美嘉保"留下的空缺，進而明確了在北方建立根據地、等待時機反攻政府軍的意圖。10月9日，榎本艦隊裝運着2500名幕府軍離開鬆島，於10月13日抵達陸中·宮古灣補充燃料後於18日趕赴蝦夷。在幕府末期，蝦夷爲德川幕府直屬領地，維新之後根據"王政復古"的理論建立了箱館府。府知事清水古公考在箱館郊外的五棱郭設立行政廳。
10月21日(公曆12月)，幕府軍頂着大雪，在箱館北部的鷲之木登陸。之所以不在箱館直接登陸，是爲了避免作爲國際港口的箱館發生戰鬥而將外國船隻和人員捲入。由於幕府軍當時幾近窮途末路，爲了在蝦夷建立穩固的政權，不得不考慮到與外國列強的關係。幕府軍登陸後兵分兩路:大鳥圭介率領主力沿海岸線進軍-包括在仙台重新組建的新撰組(隊士安富才介任臨時隊長)、傳習士官隊、傳習步兵隊和游擊隊，土方歲三率領支隊沿山路向箱館迂迴-包括額兵隊、衝鋒隊和陸軍隊。由於明治政府在箱館只有1200人的駐軍，和幕府軍實力相差懸殊，因此基本沒有進行抵抗就放棄了箱館。幕府軍大鳥隊在七飯村、土方隊在川汲峠和鬆前藩的部隊進行了小規模的遭遇戰，10月26日，幕府軍攻佔五棱郭，遂於10月27日佔領箱館。英法首先承認了幕府軍在蝦夷建立的新政權。
慶應四年(1868，即明治元年)12月15日，榎本武揚邀請各國領事，召開酒會慶祝"平定蝦夷"。同一天宣佈建立"蝦夷共和國"，並且在酒會上由軍官以上人員投票選舉出內閣成員。有關這次酒會和選舉的日期，亦有一些不同的說法，比如石井勇次郎的《戊辰戰爭見聞略記》中記載爲12月22日，而石川忠恕的《說夢錄》中則記載爲12月28日。
選舉的結果如下:
榎本武揚:156票
鬆平太郎:120票 "
永井尚志:116票
大鳥圭介:86票
松岡四郎次郎:82票 !
土方歲三:73票
根據選舉結果，榎本武揚任司令、鬆平太郎任副司令、大鳥圭介和土方歲三同任陸軍奉行。同時，"蝦夷共和國"得到了列強的承認。
"洋裝散發"的榎本武揚，在建立"蝦夷共和國"時年僅33歲。
