鳥居元忠是伊賀守忠吉第三子，幼名鶴之助，小名彥右衛門，天文八年(1539)生於三河國碧海郡渡村。父親鳥居忠吉，曾在鬆平廣忠死後，家中無主之時，擔任岡崎總奉行。
元忠僅十二歲，就隨父赴駿府，做了十歲的家康(時稱鬆平竹千代)的近臣。某日，竹千代放鷹出遊，想獵些百舌鳥，叫上了鳥居元忠同行。結果元忠連獲許多，竹千代的面色便不好看了，接下來一段時間，元忠卻突然地百事不順，跑了許久，僅獵到一兩隻，遠遠輸給了他，使竹千代玩得很是開心。回去後，父親忠吉便把他叫走，讚揚道：“要盡力使少爺歡欣，才具有大將的器度。從今而後繼續忠勤做事。”
因而家康對元忠的信賴，打那時起就已養成。
永祿三年鳥居元忠立功，家康賞給他軍忠狀，他固辭不受，說道：“有生之年，僅可事一主，何必得證忠誠?”自此以還，更是屢立功勳。到了天正三年(1575)七月長篠之戰，元忠擔任先鋒，攻諏訪原城，左腿遭武田軍鐵炮擊中負傷成了瘸子;一說他之負傷，是在元龜三年(1572)三方原之戰。亦在元龜三年，父親鳥居忠吉死去，由於長兄忠宗和幼弟忠廣都已戰死，次兄仁藏出家，家督便由元忠承繼。天正十年(1582)，本能寺變起，他在甲府擊破北條軍，入封甲州郡內，並負責守衛甲府城。
武田亡後，德川家的探子偵得武田四名臣中馬場信房之女所在，家康即命鳥居元忠搜索，無結果。再問原先的探子，探子惶恐地叩頭到地，匍匐着近前說：“這女子已經在元忠家裏了，就是他如今的妻子啊!”家康笑不可抑，說道：“彥右衛門這小子，打小就是就是個啥事也做不成的傢伙!”
天正十四年，豐臣秀吉給鳥居元忠頒下官位，他以身爲德川家臣，不願沐恩於外，力辭不受。十八年(1590)，鳥居元忠從徵小田原，攻破武藏巖槻城，頗得其力，秀吉賜以感狀。家康入關東，得封下總矢作四萬石。相傳，他勇毅樸實，如三河武士的典範，爲德川家上下所重。
德川家康宣佈討伐上杉景勝之後，出征之前，六月十六日在大阪城西之丸任命佐野肥後守爲留守居，由前田玄以、增田長盛送出大阪，向伏見而去。這天夜裏家康來到伏見，鳥居元忠拄這時，德川家康說：“如今我征伐會津去了，你這四人，不得不作留守，想來是很可遺憾的。家中空有許多的人，卻留你們在此。然而人數再少，你們的勞苦，我總是有所記掛的。”
鳥居元忠說：“在下並不作如是想。征伐會津這般的大事，家人之中，能多帶得一人一騎亦好。京都大阪方今平穩，此城只消交給在下和近正守備便足了事。殿下去後，就算是強敵圍城，近有援軍，自足堅守，總之，人馬貴重，兩處分遣就不免於減少了，留着守城也是無益的事。”
這一夜主僕談起元忠與家康的少年，在駿府作今川人質之事，於是元忠說着“今生の御暇乞にこそ候”(“もし事あらば今夜が永き御別にて候”)，就要告退，他自二十多年前一戰負傷以後就已跛腳，搖搖晃晃向外走着，家康便喚小姓去攙扶。看着由小姓攙去了的鳥居元忠的背影，德川家康突然下淚。
六月十八日上午七點左右，鳥居元忠等四人送家康上路，大軍昂昂然自伏見城出征，中有名將井伊直政、榊原康政、本多忠勝父子。略言之，其後風雲突變，石田三成舉兵，果然如鳥居元忠所料，兵指伏見城。
西軍宇喜多、毛利等部議攻伏見城，增田長盛說道：“名城伏見，是太閣大人集全日本人力所築的堅城，兵糧武器積聚其中，了無缺欠。守城的鳥居元忠四將，從內府(家康)年少時就已隨侍，允稱武勇。近鄰城池，互相呼應，兼且兵卒耐戰，這城池是輕易攻不下來的。所幸在下和元忠多年相知，便好去說服元忠，要他拱手交出城池，如何?”宇喜多秀家頗爲贊成，就議定遣增田家臣山川半平作使者，入伏見城。
鳥居元忠聽了來意，答說：“承君好意，然而內府出征之際，令我堅守城池，我只知內府有命，諸君要我開城，斷不能夠。即使兵寡力孤，亦無移改。取我這白髮的首級去，便可得到城池了。”
西軍如此則非攻城不可。這其間，近江的代官巖間兵庫(光春)、深尾清十郎帶着手下甲賀忍者五六十人來守孤城，說是要報家康的恩，宇治的茶商上林竹庵也想入城，言辭相同。鳥居元忠對竹庵說：“你是町人(平民)，戰死爲恥。說來遺憾，我輩即是窮途末路，也不必用町人守城。早早回宇治去吧。”竹庵爲之變色，說：“在下受了內府的大恩，如今身是町人，心卻並非町人可比。當家於今危難將臨，棄而去之，已違道義，如迫我出，我即切腹在此，僅圖獻一茶於泉壤也。”
元忠只得允他入城。他據說是丹波上林鄉的武士子弟，永祿年間，跟着父親上林久重移居宇治，種茶爲業。久重於桃山時代得任豐臣秀吉的茶頭，並作宇治鄉代官，總管宇治茶業，有子掃部丞(久茂)、味卜、春鬆、竹庵;竹庵即其幼子，名爲政重，通稱又市、又兵衛，又稱越前守。天文十九年(1550)生，曾於元龜二年(1571)赴三河，在家康手下做着一介鄉吏，領有土呂鄉百石。以後在長久手一戰中取下兩個首級，家康親賜他感狀和槍，任爲岡崎町吏。天正十八年有志茶道，歸還宇治，剃髮取號竹庵，這時已垂垂老矣。他的茶藝並不高明，卻由於爲人的拙樸赤誠，被千利休贊爲“日本第一的點茶”。左圖是竹庵的坐像。
七月十五日(鬆平家忠的日記記爲十八日)，宇喜多秀家總領西軍出征，四萬大軍自大阪而來，轉瞬間就把城池包圍。城中將兵，自元忠以下約有一千八百人，元忠自守本丸，二之丸交給了內藤家長與佐野綱正(1554～1600，曾是豐臣秀次的鐵炮手頭領，秀次死後始投德川家)守備，三之丸是鬆平家忠、近正，治部丸由駒井直方守備，名護屋丸由巖間光春、多賀(又作甲賀)作左衛門守備，鬆之丸由木下勝俊(後來離城)、深尾清十郎守備，太鼓丸由上林竹庵等守備，決意抵抗。
西軍的猛攻自十九日始。二十一日，激烈的銃擊戰推進到外護城河附近，鳥居元忠一連頑強抵抗了十餘日。
三十日，西軍近江水口城主長束正家麾下甲賀忍者想出一計，派遣鵜飼藤助聯絡城裏的深尾清十郎及甲賀忍者，說道：“望能放火引導我軍。如其不然，家鄉的一族及妻子悉處磔刑。”藤助把書信附在箭矢上射進了城;記掛着鄉里宗族的甲賀忍者果然允爲內應，回報說：“今夜亥時放火。”
後世的記載說：“圍城十餘日，而鬆之丸守軍中，甲賀武士等放火爲(長束)正家內應，城遂陷落。”
《甲賀郡志》記載道：“大阪兵圍伏見城，山岡景友(道阿彌)告諸士急馳來。”
“二十九日，諸士入同城內鬆丸拒守。時，增田長盛重臣福原清左衛門謂曰：‘子等悛心屬主公，領地如舊，不然一擊並殪，妻子見殺。期此數刻，請決去就。’……八月一日伏見城陷。同日篠山、竹林等一族部下戰歿三十一人，他之負傷者悉歸鄉里。一書：此時謀叛誘敵入伏見城之永原十內、山口宗助並甲賀士十八人者，追捕得之，磔於粟田口。”
這其中戰死的篠山景春(又名理兵衛、資家)，是甲賀忍者的小頭目，曾在織田信長、羽柴秀吉手下做事，長久手之戰前，秀吉疑他與信雄勾結，把他逐走，從此隱居在關的地藏邊，多年流落不遇。慶長年間，家康上洛，路上聽說了他，任爲近鄰十鄉的代官，景春感激良深。據說，慶長五年六月十八日家康路過甲賀郡，宿在石部地方，五奉行中的長束大藏大輔正家，時封水口城主，來見家康，擬於第二天家康過水口驛的時候設宴招待，並且下毒其中。但是陰謀爲景春所發，家康戌時起程，夜過水口，十九日抵關，得以無事。
伏見城被圍，景春父子家臣同來入城，一時並命。後來家康使他的幼子甚吉(又名理兵衛、資盛、資友)繼承父親領地爲旗本，孫子移居江戶。《寬政重修諸家譜》說：“相傳……景元由大原改稱笹山。有子理兵衛景春，改笹文字爲篠。其子彥十郎景尚，慶長二年曾會東照宮，五年守伏見城戰死。有子彌次兵衛景末，時方襁褓，共其母住近江國甲賀郡山中，後蒙召至江戶，屬山岡主計頭景以，七世爲百人組與力。”
對於甲賀忍者的背叛事件，《改正三河後風土記》加意渲染，說：“七月十五日拂曉，總大將浮田中納言秀家進發大阪，共有三萬九千多的大軍……用了長束正家的計策，遣浮貝藤助聯絡守軍中的甲賀忍者，授以祕計。守衛鬆丸的甲賀忍者中，山口宗助、永原十內兩人拾得一箭，上有文書說道：效忠反正，於城內放火相應，引入我兵，秀賴公將有莫大恩賞。如不然，故鄉的妻子眷屬，悉被磔死。此輩大驚，同着甲賀四十餘人，回報說：入夜之後，亥、子之間，便在城內放火，示爲內應。”
“城兵心知有內通者，惟盡力抵抗而已。內有甲賀忍者處處放火叛亂，外有強敵殺來，鬆丸守軍兩下交逼，巖間兵庫、上林竹庵戰死，深尾清十郎被獲，佐野肥後守急點大炮，炮管炸裂，遂被燒死。”
“伏見城的叛賊永原十內、山口宗助並甲賀十八人，都遭追捕，在粟田口地方磔死。”
凌晨，伏見城一角驟然起火，城裏的甲賀忍者紛紛鑿壞城壁，引入西軍。鬆平家忠、近正、上林竹庵相繼戰死，鳥居元忠在本丸奮戰，三次殺退敵兵，身邊僅餘十幾個人，於是——
“元忠開得本丸門，門際七八間(一間合1.818米，七八間約是十三四米)，士卒三百餘，盡拔白刃相待。敵軍初入，就聽得元忠怒喊：‘殺了一個再死，武士的志願如此。我在三方原，にて足に手負ひ行步心にまかさざれども、逃んとせばこそ足も賴まめ。いざ最後の軍せよ!’一同苦戰，全軍並命。元忠腰痠骨軟，歇在玄關，逢着雜賀孫市重次遍踏屍體而入，便疲憊地說：‘我是鳥居彥右衛門，取了首級去，是你的功名。’脫下甲冑，切腹而死。雜賀綽着他的首級便走。本丸有大門二扇;從大手門外就上了堅鎖，一人也不能逃去。”——(《常山紀談》卷十四之七，第三百十六話，“伏見破城之事附鳥居忠政饗雜賀孫市事”輯錄)
這時是慶長五年八月一日。鳥居元忠的首級被懸於大阪城京橋口示衆，被佐野四郎右衛門偷走，葬在智恩院中的長源院。鳥居元忠曾向神崎竹谷學過茶，竹谷被西軍捕獲，帶到石田三成面前，報告了元忠身死的經過;三成微微嘆息，賞了竹谷一匹馬，令他馳去江戶，把這等慷慨戰死之狀告訴元忠的兒子。
伏見城中，死者的血染上地板，後來被好奇者移到京都市內養源院、寶泉院、正傳寺、源光庵等寺保管，及今尚存。
